Na nadzwyczajnym posiedzeniu Senatu 16 kwietnia 2019 roku przyjęto nowy Statut UMK.
W głosowaniu poparło go 58 senatorów, 2 było przeciw, a 3 wstrzymało się od głosu.
Podstawowym celem tego ważnego dla uczelni dokumentu było dostosowanie wewnętrznych regulacji Uniwersytetu do nowej ustawy o szkolnictwie wyższym i nauce, przyjętej przez Sejm RP 20 lipca 2018 roku, zwłaszcza zaś przekształcenie UMK w silny uniwersytet badawczy.
Statut określa między innymi podstawowe zadania Uniwersytetu, zasady, którymi się kieruje, prawne i etyczne podstawy działalności oraz rodzaje godności honorowych i tryb ich przyznawania. Istotną częścią dokumentu jest ustanowienie wewnętrznej organizacji uczelni. Statut określa rodzaje jednostek organizacyjnych i funkcji kierowniczych, w tym tryb ich wyboru i kompetencje, a także miejsce w strukturze Collegium Medicum, wraz ze składem i kompetencjami Rady Collegium Medicum. Organami kolegialnymi uczelni są Rada Uniwersytetu, Senat i Rady Dyscyplin. Organem jednoosobowym jest Rektor. Dokument określa zakres kompetencji organów i tryb ich wyboru.
Na mocy Statutu tworzy się szkoły doktorskie, które są jednostkami organizacyjnymi uczelni. Dokument określa ponadto stanowiska pracownicze na Uniwersytecie i ogólne wymagania stawiane przy zatrudnieniu, zasady kształcenia oraz działalności samorządu studenckiego i samorządu doktorantów, a także zasady funkcjonowania wewnętrznego systemu zapewniania jakości. Statut wymienia rodzaje aktów wydawanych przez organy i określa system nadzoru nad ich stanowieniem, ustala także podstawowe zasady pracy administracji, gospodarki finansowej i gospodarowania mieniem.
Komisja statutowa złożona z przedstawicieli społeczności akademickiej pracowała nad dokumentem od lipca 2018 roku. W toku prac przyjęto szereg zmian zgłoszonych przez członków społeczności akademickiej, a także przez Radę Uniwersytetu.